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硫葡萄糖甙及其降解产物
菜子饼粕含有硫葡萄糖甙类化合物，本身没有毒，但在一定水分和温度条件下，经本身的芥子酶（硫葡萄糖甙酶）的酶解作用，可水解成?斑蛲榱蛲?、异硫氰酸酯、硫氰酸酯及腈类。这些有毒物质进入动物体内后，首先是刺激动物的胃肠道黏膜而引起炎症和腹泻，从而影响消化机能。此有毒物质进入血液后，可与甲状腺素结合，而导致动物甲状腺肿大。因此，大量饲喂或长期饲喂菜子饼粕易引起动物中毒。
?斑蛲榱蛲?是菜子饼粕中的主要有毒成分，主要毒害作用是阻碍甲状腺素的合成，引起脑垂体促甲状腺素的分泌增加，导致甲状腺肿大。甲状腺肿大的动物机能减退，血液中的甲状腺素（T3和T4）减少，营养素的利用率下降，生长和繁殖受到抑制。
异硫氰酸酯有辛辣味，严重影响菜子饼粕的适口性。异硫氰酸酯中的硫氰离子是与碘离子的形状和大小相似的单价阴离子，血液中含量多时，可与碘离子竞争而浓集到甲状腺中去，抑制了甲状腺滤泡细胞浓集碘的能力，从而导致甲状腺肿大，并使动物的生长速度降低。
硫氰酸酯中的硫氰离子也可引起甲状腺肿大，其作用机制与异硫氰酸酯相同。腈进入体内后通过代谢能迅速解离出氰离子，其毒性与HCN相似，可引起细胞窒息。
芥子碱
菜子饼粕中约含有1%~1.5%的芥子碱，具有苦味，影响菜子饼粕的适口性。芥子碱与腥味蛋的产生有关。芥子碱可在鸡的胃肠道中分解为芥子酸和胆碱，胆碱进而转化为三甲胺。正常情况下，三甲胺在体内三甲胺氧化酶的作用下，被氧化为氧化三甲胺而不具腥味。但一些褐壳蛋系的鸡种体内缺乏这种酶，因而在采食菜子饼粕后，三甲胺不经氧化就直接进入蛋黄并在蛋中逐渐积累，当鸡蛋中三甲胺的含量每克超过1毫克时即有鱼腥味。
芥酸
芥酸在油菜等十字花科植物子实中普遍存在，高芥酸油菜的子实脂肪中芥酸含量在40%以上，辛辣味，影响适口性。
芥酸是否有毒成分尚无定论。过去有人将多量高芥酸菜油加入白鼠饲粮中，发现幼鼠发育迟缓，并引起心肌脂肪沉积和心肌坏死。但近年的研究认为，这并非芥酸本身的毒害作用。对猴、猪、狗和兔等动物的试验也表明，芥酸对心脏和生长发育并无影响。
丹宁
菜子饼粕中的丹宁含量为1.5%~3.5%，也是影响菜子饼粕适口性的主要原因之一。丹宁具苦涩味，影响动物采食，干扰蛋白质的消化利用，抑制动物生长。
植酸
菜子饼粕中植酸含量一般为3%~5%，是一种很强的金属螯合剂，能与钙、磷、镁、锌等金属离子螯合，使其不易被动物所利用。植酸对动物的毒害作用主要表现为锌和磷的缺乏症，如厌食、消瘦、生长缓慢等。当菜子饼粕在日粮中的饲用量较高时，宜适当增加Zn、Fe等微量元素的添加量。
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